在德国的仓库或 Amazon FBA 会让我的公司被视为在德国设有机构吗？

如果是别人运营的，不会。VerpackDG 第 5 条第 2 款问的是您的公司在德国是否有机构（Niederlassung）。存放在 Amazon 或物流服务商仓库里的库存不是您的机构。通过 FBA 或德国第三方物流销售的境外公司仍需要德国授权代表。